Un BFR négatif survient lorsque les dettes d'exploitation (fournisseurs, charges à payer) excèdent les actifs d'exploitation (stocks, créances clients). L'entreprise est alors structurellement financée par ses partenaires commerciaux — elle encaisse avant de décaisser. Ce phénomène est caractéristique de certains modèles économiques : grande distribution, abonnements prépayés, plateformes numériques, certains contrats à l'avancement. En évaluation, un BFR négatif améliore la qualité des flux de trésorerie et peut constituer un avantage concurrentiel de financement, mais doit être analysé avec soin : sa durabilité dépend du pouvoir de négociation de l'entreprise vis-à-vis de ses fournisseurs et clients.

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Exemple : un éditeur de logiciels SaaS suisse facture ses abonnements annuels en avance (encaissement J+0) et règle ses fournisseurs à 60 jours. Son BFR d'exploitation ressort à CHF -1,6 million, ce qui signifie que la croissance génère structurellement de la trésorerie plutôt qu'elle n'en consomme — un argument de valorisation fort dans le cadre d'une levée de fonds.

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Hectelion analyse le BFR négatif non comme une anomalie mais comme un indicateur du modèle économique et du pouvoir commercial de l'entreprise.